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Os objetivos específicos do Centro Integrado para a Conservação da Biodiversidade da Mata Atlântica são:
1) Produzir, integrar e divulgar o conhecimento científico, visando desenvolver modelos para o manejo racional dos recursos naturais e subsidiar políticas públicas de conservação da biodiversidade da Mata Atlântica;
2) Identificar, consolidar e convergir iniciativas de levantamento da biodiversidade já existentes e que possam ser utilizadas para delinear uma Base Nacional de Gestão do conhecimento sobre biodiversidade da Mata Atlântica;
3) Desenvolver programas de educação ambiental, de turismo científico e de aprimoramento para estudantes de graduação e de pós-graduação, subsidiados pelas pesquisas científicas.
4) Representar uma iniciativa constante de valorização das Unidades de Conservação regionais, públicas e privadas, a partir do fomento à pesquisa científica, às atividades educativas e da busca por contínuos avanços em estrutura e capital humano demandados nestas áreas protegidas;
5) Padronizar os procedimentos com a utilização de protocolos específicos, de modo a permitir a comparação e a integração dos resultados obtidos pelos projetos que interajam e/ou sejam demandados pelo Centro Integrado para a Conservação da Biodiversidade da Mata Atlântica;
6) Definir políticas de gerenciamento de material biológico coletado, depositando-o em coleções biológicas consolidadas, assim como disponibilizar os dados não-sensíveis, resultantes dos projetos integrados ao Centro Integrado para a Conservação da Biodiversidade da Mata Atlântica;
7) Analisar, a partir dos resultados obtidos na sua fase inicial de implantação (dois anos), a possibilidade de integração de outras regiões representativas da Mata Atlântica, preponderantemente no estado do Paraná e prioritariamente a Floresta com Araucária e os Campos Naturais.
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